@Rodolfo: Tu tema de tesis está buenísimo. Si, se puede integrar flex con papervision3D, aqui encontraràs una pequeña integración de ambos:
http://www.david5.com/rigid-spheres-with-jigliflash-and-papervision3d/
Lògicamente, en tu trabajo la integración será mucho más compleja, pero dicho link te podría servir como punto de partida en dicha integración.
Con tu experiencia en java, c++ y opengl avanzarás muy rápido en este nuevo entorno. Podrías usar java del lado del servidor (con blazeDS por ejemplo), y si tienes código o bibliotecas en C o C++ que son de interés para tu proyecto podrías reutilizarlos ejecutándolos directamente en la máquina virtual Flash player gracias a Alchemy. Y el aprendizaje de PV3D será sencillo si conoces opengl. Para el proceso de aprendizaje de las herramientas que necesitas, te recomiendo iniciarte en AS3, luego pasas a PV3D, luego pasas a Flex y allí lo vas integrando con tu lenguaje del lado del servidor (java por ejemplo), y finalmente Alchemy, si es necesario.

Te recuerdo que PV3D tiene aceleración 3D por software, no por hardware como opengl, por lo tanto, podrás renderizar hasta 3000 o 5000 triángulos a la vez, dependiendo principalmente de que materiales y shaders utilizes. Siempre Alchemy y PixelBender serán tus aliados en caso de que necesitas cálculos que tengan un alto costo computacional para tu simulación, pero creo que tendrías que preparar las bibliotecas complementarias que necesites para esos casos. Si necesitas algo realmente potente te recomiendo utilizar Unity3D. Lo bueno de PV3D es la ubicuidad del Flash Player, en ese punto Unity3D falla.

Los archivos c3d los manipularías con los paquetes COLLADA de PV3D. Sería bueno que investigues si soporta dicho formato.

Hace un buen tiempo me tocó hacer una simulación de fluidos en PV3D,
http://forum.papervision3d.org/viewtopic.php?f=9&t=590
no lo terminé por falta de tiempo, pero por la experiencia que tuve en dicho experimento, podría decirte de que si es posible hacer simulaciones 3D via web con Flash/Flex, el desafío estará siempre en la optimización de tu código.

Suerte con el proyecto! Un saludo.

Te explico, en algunos hospitales existen laboratorios de marcha, en esos laboratorios van pacientes con enfermedades neuro musculares, los doctores les colocan una serie de sensores alrededor de su cuerpo y la persona va caminando con esos sensores en su cuerpo, hay un sistema que recibe esa señal y va almacenandolo en los archivos que son los c3d.

Mi sistema fuyncionaría así: un médico registrado en el sistema escoge un archivo c3d, el sistema le proporcionara unos datos y nas graficas y a parte la simulacion en 3d de una personas con los sensores caminando sobre el plano y eso es lo que yo quisiera hacer en papervision, las coordenadas y el tiempo que va una persona caminando ya los tengo pero lo que no se hacer es la simulación y se que papervision es una aplicación para hacer aplicaciones en 3d, de verdad te agradecería que me ayudaras en esto, como te dije antes soy nuevo en esto y no tengo experiencia, lo mio es java, c++, opengl pero bueno me toco hacerlo web y en flex. Gracias!!!!

http://www.david5.com/interfaces-tridimensionales-en-los-navegadores-de-internet-papervision3d/

y también ver los ejemplos de código del sitio http://pv3d.org/ , allí hay muchos ejemplos interesantes.

Un saludo.

Saludos!

Gracias por tus comentarios.

Encotrarás definiciones matemáticas bien explicadas sobre las representaciones de transformaciones tridimensionales usando representaciones matriciales. Un libro bastante ilustrativo es el de James Foley, Introducción a la Computación Gráfica, pag. 180. Creo que muchos libros de computación gráfica tratan el tema de las transformaciones. La relación de las rotación, translación y escalado de las matrices se realiza a través de funciones trigonométricas y operaciones aritméticas entre las posiciones de las matrices.

Ahora mismo no tengo ningún link a información concreta aplicada a PV3D, pero podría revisar cuando tenga un poco de tiempo. Te comento que Papervision3D 3 utiliza ampliamente los quaternions para las transformaciones. Un saludo.

Saludos!